ИУС не может считаться эффективной, если выгоды от ее использования заметно не превышают затраты на ее создание. Наилучшая ИУС - это не обязательно такая, которая дает наибольшее количество информации и наибольшую точность и скорость. Лучшая система - это система, которая дает информацию такого количества и качества, которое необходимо для целей управления при наименьших возможных затратах. Стоимость эксплуатации ИУС значительно превосходит затраты на оплату труда специалистов и стоимость оборудования обработки данных. В состав затрат входит время, затраченное на проектирование системы, ее установку, обучение персонала, а также время и расходы, связанные со сбором, накоплением и обработкой информации. Однако, оценкой экономической эффективности ИУС часто пренебрегают.