Но дивизиональные структуры, как и функциональные, не свободны от недостатков. Так, значительно усложнился процесс контроля за действиями новых структур. Негативные результаты работы могут проявиться лишь с течением времени, когда будет поздно выправлять положение сверху. Расширение горизонтальных связей, при всей своей положительности, несет ослабление вертикальных связей. Могут возникнуть трудности из-за дублирования и путаницы в сети команд и управленческих решений. Чрезмерная автономизация частей организации может привести к полной утрате воздействия со стороны центральных структур, а следовательно, подчинения единым целям и задачам.